A través de modernos métodos se detectan en esta sección antígena y anticuerpos que evidencia de procesos infecciosos, alérgicos o auto inmunes, además de los marcadores tumorales que permiten anticiparse al desarrollo incontrolado del cáncer. El seguimiento de la respuesta inmune contra virus y parásitos como herpes, el citomegalovirus, la rubéola y el toxoplasma, permite controlar adecuadamente el embarazo.

Por otra parte, la puesta en evidencia y cuantificación de auto-anticuerpos, anti-DNA y anti-antígenos nucleares extractables ENA, confiere una ayuda diagnostica pronostica esencial para el manejo de las enfermedades reumáticas como el lupus y otras alteraciones del tejido conectivo. La especificidad de estos análisis ha aumentado en los últimos años hasta el punto de disponer actualmente de un panel de docenas de anticuerpos que se han asociado a cada una de las patologías autoinmunes.

Entre los marcadores tumorales, que cada día aumentan en la literatura científica, podemos destacar el PSA, el CEA, la AFP, el CA 125, el Ca 15-3, el Ca 19-9 y la beta-HCG.